Hvordan velge eksperimentelle forbruksvarer: 8 forskjellige aspekter ved PCR-forbruksvarer du trenger å vite

I dag, la oss snakke om et nøkkelelement i PCR-eksperimenter - forbruksvarer. Som en hyppig besøkende på PCR, er det nødvendig å forstå egenskapene og terminologien knyttet til PCR-forbruksvarer.

Det finnes et bredt utvalg av PCR-forbruksvarer på markedet, inkludert merker, spesifikasjoner, farger osv., som er blendende. La oss forstå det steg for steg.

pcr plate

1. Materialer

Vanligvis er råmaterialet til PCR-forbruksvarer polypropylen. Det er et godt varmebestandig inert materiale. Arbeidstemperaturområdet er -30 til 140 grader, noe som gjør det mulig å motstå de termiske energiendringene under den termiske syklusen til PCR-reaksjonen, og spiller en god rolle i å forsegle og beskytte stoffene i PCR-reaksjonssystemet.

Lær mer om polypropylen

2. Farge

Vanlige er hvite rør og gjennomsiktige PCR-rør. I tradisjonelle PCR-eksperimenter er det ingen forskjell mellom de to. I det samme sanntids-/qPCR-eksperimentet var imidlertid hvite rør relativt mer følsomme og konsistente for qPCR-instrumenter med apikale signalavlesninger (se figur A og B nedenfor). hvorfor er det slik?

pcr rør

A: lavere Ct-verdier for hvite rør sammenlignet med klare rør; B: bedre repeterbarhet med hvite rør.

Kjernedataene til qPCR er Ct-verdien, og fluorescenssignalet er datakilden for å beregne Ct-verdien, så det er veldig viktig om fluorescensen i røret kan overføres fullstendig til detektoren. Den hvite rørveggen forhindrer at fluorescensen passerer gjennom rørveggen og brytes (Figur A nedenfor), og forhindrer dermed at fluorescensen overføres til varmeblokken (dvs. veggen til metallhullet der røret er plassert) og absorberes. eller inkonsekvent reflektert av blokken. Et sterkere og mer konsentrert fluorescerende signal ble samlet på spissen av det hvite røret sammenlignet med det klare røret (Figur B nedenfor).

pcr rør

A: Den skiftende trenden til fluorescenssignalet i det gjennomsiktige røret og det hvite røret; B: Fluorescensintensitetssammenligningen etter tilsetning av samme mengde fluorescein.

Så hvis du bruker et topplesende qPCR-instrument, prøv hvite rør.

3. Kvalitet (lean eller ikke mager)

Her understrekes viktigheten av forbrukskvalitet. qPCR-forbruksvarer må være fri for forurensninger og inhibitorer. Høyt trykk og stråling fjerner bakterier og DNaser, men ikke støv og DNA-rester, som kan hemme PCR-reaksjoner eller produsere uspesifikk amplifikasjon. Stoffer har absorbans, og selv små forurensninger vil absorbere fluorescensen i reaksjonssystemet og påvirke samlingen av fluorescenssignaler. En overdreven versjon av eksperimentet ble brukt for å demonstrere effekten av urenhetsforurensning på eksperimentet. Som vist i figuren nedenfor ble en urenhet plassert i en av reaksjonsbrønnene i oktaven. Som forventet viste amplifikasjonskurvene markerte anomalier.

Urenheter i PCR-reaksjonsrør

↑ Urenheter i reaksjonsrøret

8 strimler

↑ Gjentatte reaksjonsresultater for 8 rør, urenheten i venstre brønn "avviker" kurven.

Påminnelse: Vær forsiktig så du ikke utsetter forbruksmateriellet for luft over lengre tid. Etter å ha tatt ut forbruksmateriellet, sørg for å forsegle emballasjeposen raskt for å unngå å berøre den med bare hender. Hvis mulig, arbeid på en ren benk.

4. Kapasitet / Størrelse / Flux

Volumet bestemmer hvor mye prøve (reaksjonsvolum) som kan lastes. Overdosering kan føre til redusert varmeoverføringseffektivitet, søl eller krysskontaminering; underdosering kan føre til tap av fordampningsprøver. Varmeblokken til qPCR-instrumentet vil også bestemme gjeldende forbruksvarer og gjeldende reaksjonssystemstørrelse. Gjennomstrømning er lett å forstå, det er det maksimale antallet prøver som kan lastes i et enkelt eksperiment. Vanlige kapasitets- og fluksspesifikasjoner er vist i tabellen nedenfor:

Enkeltrør/åtte rader {{0}}.2mL, 0.1mL

{{0}}brønnplate 0.2mL, 0.1mL

{{0}}brønnplate 0,2mL

Kapasitetsspesifikasjonene er også generelt delt inn i standard- og lavtyper, som vist nedenfor. Lav profil forbruksvarer har lavere høyde. Denne korte utformingen minimerer plassen over reaksjonssystemet ("dødt volum" - den ubrukelige delen), reduserer effekten av fordampning under termisk syklus, og gjør at varmemodulen kan vikle seg rundt den i større grad for å forbedre varmeoverføringseffektiviteten. Derfor er lavprofilrør også kjent som "raske" rør eller plater.

pcr rør

Påminnelse: Det vanligste reaksjonsvolumet er 20 µL, og det anbefales å bruke et lite volum reaksjonsrør på 0,1 ml eller et lite volum.

5. Veggtykkelse

Tykkelsen på rørveggen påvirker direkte den termiske ledningsevnen. PCR-forbruksvarer bør ha jevn veggtykkelse for å gi jevn varmeoverføring. Den ultratynne rørveggen er 50 prosent tynnere enn standardversjonen, noe som ytterligere reduserer den termiske barrieren og gir raskere og bedre responseffekter. Derfor, for å maksimere effektiviteten til PCR-reaksjoner og sikre stabile og effektive reaksjoner, er enhetlige og ultratynne PCR-forbruksvarer det beste valget.

6. Åpenhet

Caps og forseglingsfilmer for qPCR krever høy optisk klarhet for å sikre optimal penetrasjon og overføring av fluorescerende signaler samtidig som forvrengning reduseres (for toppleste qPCR-instrumenter). Jo høyere gjennomsiktighet rørveggen er, kan det påvirke de eksperimentelle resultatene. Årsaken er forklart ovenfor. Tradisjonell PCR kan ignorere denne funksjonen.

7. Skjørt

Skjørtet til en PCR-plate refererer til den perifere forlengelsen av platen. Ved bygging av reaksjonssystemer fungerer skjørtet som en stabil støtte for pipetteringsprosesser og gir mekanisk styrke og grep når det kombineres med automatiserte arbeidsstasjoner. Det er tre vanlige typer skjørt, halvskjørt og helskjørt (tilsvarer A, B og C i figuren nedenfor).

Skjørtløs: Kan brukes med de fleste PCR- eller qPCR-instrumenter, men ikke for automatiserte applikasjoner. Lett å flytte under pipettering, lite stabil, må brukes med plateholder.

Halvskjørt: Ideell for automatiserte applikasjoner med god pipeteringsstabilitet.

Full skjørtplate: Ideell for automatiserte applikasjoner. God mekanisk styrke, egnet for PCR-instrumenter med utstående moduler, høy stabilitet under pipettering.

pcr plate

Tips: Betydningen av skjørtet er mer å legge til rette for industrialisering og automatisert batchbehandling, kombinert med robotarmen. Det er kanskje ikke nødvendig i tradisjonelle forskningslaboratorier, ingen skjørt er tilstrekkelig.

pcr plate

8. Parafilm

PCR-plateforseglingsfilmen er laget av klar plast eller aluminiumsfolie. Selvklebende transparente filmer er mer vanlig, egnet for 96 eller 384 brønns plater, og bør ha god nok lysgjennomgang. Ved forsegling av filmen brukes et lite kort for å presse filmen rundt forseglingshullet for å unngå luftlekkasje.

Selvklebende aluminiumsfilmer kan være mindre vanlige. Selv om det ikke er egnet for qPCR, er det det ideelle forbruksmaterialet for lysfølsomme prøver. Fordi den kan stanses, letter den prøveoverføring i PCR (for konvensjonell PCR).

PCR plate forseglingsfilm

Oppsummer

Som bærer av PCR-systemet er forbruksvarer svært viktig for å forbedre kvaliteten på eksperimentelle data. Jeg håper denne delingen kan hjelpe deg med å forstå noen tips om PCR-forbruksvarer og gi hjelp til bedre utvalg av forbruksvarer.